属于植物检验检疫技术领域，具体涉及一种镰刀菌B类毒素的分子检测方法及应用。其特征是，针对单端孢霉烯B类毒素，同过Tri11基因信息设计的一组多重PCR引物，从产3-AcDON、15-AcDON和NIV毒素的禾谷镰刀菌中分离得到334bp、279bp、497bp的特异片段，采用PCR反应，利用琼脂糖凝胶电泳检测产物，直接根据产物片段的大小，即可检测出禾谷镰刀菌产生毒素的类型。可用于谷物、饲料和食品安全中镰刀菌B类毒素的检测。